生物柴油設備在進行油液的制備工藝中，這其中也包含了醋酸的精餾過程，在這過程中溫度的控制是很關鍵的，因此設備中還要配備相應的冷卻器。由于醋酸在酸溜過程中會產生一些污染物，有可能會污染冷卻器，因此需要對應的給生物柴油設備進行維護。

       要對冷卻器進行保養的話，先要使其停運。一般都是先停熱流后停冷流。然后按照按照掃線規程掃凈管殼程內介質，并等到醋酸精餾塔溫度下降至許可溫度后才能進一步操作。這過程中，要在停冷卻水的同時打開冷卻水放空閥，以免損壞生物柴油設備。

       為了不影響冷卻效果，冷卻器投用時應打開冷卻線上放空閥排氣，并且在見水后關閉。大部分冷卻器都是以入口控制作為控制水量的方式，這雖然可以節約冷水，但是會造成冷卻器內水流短路或流速減慢而影響換熱效果，所以可以改變生物柴油設備的控制方式。