生物柴油可用作鍋爐、渦輪機、柴油機等的燃料，工業上應用的主要是脂肪酸甲酯。是一種清潔柴油，可從生物質提煉，在資源日益枯竭的今天，有望取代石油成為替代燃料。
它是許多大型車輛如卡車及內燃機車及發電機等的主要動力燃料，其具有動力大，價錢便宜的優點，
生物柴油的需求量很大，應用的主要問題是“冒黑煙”，我們經常在馬路上看到冒黑煙的卡車。冒黑煙的主要原因是燃燒不完全，對空氣污染嚴重，如產生大量的顆粒粉塵，CO2排放量高等。
原理：為了增加生產效率，采用酶固定化方法，并在反應過程中分段添加甲醇，有利于增加生產效率。這種固定化酶是來自一種假絲酵母，由它與載體一起制成反應柱用于生產，控制溫度30℃，轉化率較高。這種脂酶連續使用100天仍不失活。反應液經過幾次反應柱后，將反應物靜置，并把甘油分離出去，就可以直接將其用作生物柴油。
